Die Orgel, auch die „Königin der Instrumente“ genannt. Jemand öffnet mithilfe einer Taste oder eines Pedals ein Ventil, so dass ein Luftstrom, erzeugt von einem Motor (oder früher von einem Blasebalg), durch die Pfeife wandern kann und diese ertönen lässt. Im 16. Jahrhundert setzte die Blütezeit des Orgelbaus ein. Diese fand im 17. und 18. Jahrhundert ihren Höhepunkt. Die beeindruckende Barockorgel in der Bachkirche wurde 1703 vom Mühlhäuser Orgelbaumeister Johann Friedrich Wender erbaut. Der erste Organist an dem neuen Instrument war der junge Johann Sebastian Bach. Während der Orgelführung werden Register erklingen, die der berühmte Komponist vor mehr als 300 Jahren selbst gehört hat. Spannend ist der Blick in das komplexe Innere der Orgel mit ihren mehr als 1.200 Pfeifen. Sie hören während der Führung die barocke Wenderorgel und die romantische Steinmeyerorgel im Inneren der Johann-Sebastian-Bach-Kirche und erkunden so einst den Arbeitsplatz von Johann Sebastian Bach. Ihre zahllosen klanglichen Möglichkeiten können bis heute Gefühlswelten aus der Tiefe der menschlichen Seele emporholen, sei es auf meditative, feierliche, verzweifelte, dankbare oder gar ekstasische Art und Weise.